มหาวิทยาลัยเวสเทิร์นเปิดสอน 6 หลักสูตรระดับปริญญาโท ครอบคลุมศาสตร์ด้านการบริหาร กฎหมาย การศึกษา และสุขภาพ ทั้งภาคปกติและภาคการศึกษาทางไกลผ่านระบบเครือข่าย (CNE) เพื่อรองรับผู้เรียนทำงานทั่วประเทศ
หลักสูตรระดับมหาบัณฑิตของมหาวิทยาลัยเวสเทิร์น ถูกออกแบบให้สอดคล้องกับมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษา (TQF) และเชื่อมโยงสู่การปฏิบัติงานจริง ผู้เรียนจะได้พัฒนาทั้งความรู้เชิงทฤษฎี การวิจัย และทักษะการเป็นผู้นำในสายวิชาชีพของตนเอง
รูปแบบการเรียน: เรียนเสาร์–อาทิตย์ พร้อมระบบการศึกษาทางไกล (CNE) สำหรับบางหลักสูตร ระยะเวลา 2 ปี (ไม่เกิน 5 ปี) แผน ก (ทำวิทยานิพนธ์) และแผน ข (สารนิพนธ์)

Master of Business Administration (MBA)
หลักสูตร 2 ปี ภายใต้คณะบริหารธุรกิจและรัฐประศาสนศาสตร์ เน้นกลยุทธ์การจัดการองค์กรและการตัดสินใจเชิงธุรกิจ

Master of Public Administration (MPA)
หลักสูตร 2 ปี เน้นการบริหารภาครัฐและองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น นโยบายสาธารณะและธรรมาภิบาล

Master of Laws (LL.M.)
หลักสูตร 2 ปี ภายใต้คณะนิติศาสตร์ เน้นกฎหมายมหาชน กฎหมายธุรกิจ และกระบวนการยุติธรรม

Master of Education (Educational Administration)
หลักสูตร 2 ปี เน้นภาวะผู้นำทางการศึกษา การบริหารสถานศึกษา และการประกันคุณภาพการศึกษา

Master of Education (Curriculum and Instruction)
หลักสูตร 2 ปี พัฒนาครูและนักวิชาการศึกษาให้เชี่ยวชาญการออกแบบหลักสูตรและนวัตกรรมการสอน

Master of Public Health (MPH)
หลักสูตร 2 ปี ภายใต้คณะแพทยศาสตร์ มุ่งบริหารระบบสุขภาพ การควบคุมโรค และการส่งเสริมสุขภาพชุมชน