มหาวิทยาลัยเวสเทิร์นเปิดสอน 7 หลักสูตรระดับดุษฎีบัณฑิต ครอบคลุมการบริหาร กฎหมาย การศึกษา และวิทยาศาสตร์สุขภาพ มุ่งผลิตนักวิจัยและผู้นำเชิงยุทธศาสตร์ที่สามารถสร้างองค์ความรู้ใหม่
หลักสูตรดุษฎีบัณฑิตของมหาวิทยาลัยเวสเทิร์น เน้นการพัฒนานักวิชาการและผู้นำที่มีศักยภาพในการวิจัยขั้นสูง สร้างองค์ความรู้ใหม่ที่ตอบโจทย์สังคมและภาคอุตสาหกรรม พร้อมจริยธรรมการวิจัยและความเป็นเลิศทางวิชาการ
รูปแบบการเรียน: 3 ปี (ไม่เกิน 6 ปี) แผน 1.1 (ทำเฉพาะดุษฎีนิพนธ์) และแผน 2.1 (เรียน Coursework + ดุษฎีนิพนธ์) เรียนแบบ Block Course เสาร์–อาทิตย์ พร้อมระบบ CNE สำหรับบางหลักสูตร

Doctor of Business Administration (D.B.A.)
หลักสูตร 3 ปี เน้นการสร้างองค์ความรู้ใหม่ด้านการจัดการ กลยุทธ์ และนวัตกรรมทางธุรกิจ

Ph.D. in Public Administration
หลักสูตร 3 ปี เน้นนโยบายสาธารณะ การบริหารภาครัฐ และการพัฒนาภาวะผู้นำเชิงยุทธศาสตร์

Ph.D. in Public and Private Administration
หลักสูตร 3 ปี ผสานศาสตร์การบริหารภาครัฐและเอกชน เพื่อพัฒนานักบริหารระดับสูง

Doctor of Laws (LL.D.)
หลักสูตร 3 ปี ภายใต้คณะนิติศาสตร์ เน้นการวิจัยกฎหมายชั้นสูงและการพัฒนาทฤษฎีกฎหมาย

Ph.D. in Educational Administration
หลักสูตร 3 ปี สำหรับผู้บริหารสถานศึกษาและนักวิชาการศึกษา เน้นวิจัยเชิงนโยบายและภาวะผู้นำ

Ph.D. in Curriculum and Instruction
หลักสูตร 3 ปี เน้นการพัฒนาหลักสูตร นวัตกรรมการสอน และการประเมินผลการเรียนรู้

Ph.D. in Public Health
หลักสูตร 3 ปี ภายใต้คณะแพทยศาสตร์ เน้นการบริหารระบบสุขภาพและการวิจัยทางสาธารณสุข